Trong kỳ nghỉ hè tại nhà Dursley, Harry Potter và Dudley bị tấn công bởi Bọn Giám ngục, Harry đẩy lùi chúng bằng cách sử dụng thần chú Thần hộ mệnh. Bộ Pháp thuật phát hiện ra Harry sử dụng phép thuật và trục xuất anh khỏi trường Hogwarts, mặc dù sau đó anh đã được miễn tội.

Hội Phượng hoàng, một tổ chức bí mật do Albus Dumbledore thành lập, thông báo cho Harry rằng Bộ Pháp thuật không biết gì về sự trở lại của Chúa tể Voldemort. Tại trụ sở của Hội, cha đỡ đầu của Harry, Sirius Black, đề cập rằng Voldemort đang tìm kiếm một vật thể mà hắn ta thiếu trước đây; Harry tin rằng nó là một vũ khí.

Bộ trưởng Bộ Pháp thuật Cornelius Fudge đã bổ nhiệm Dolores Umbridge làm giáo vien Phòng chống Nghệ thuật Hắc ám mới của Hogwarts. Việc Umbridge từ chối dạy các phép thuật phòng thủ khiến bà và Harry xung đột. Harry buộc phải viết những dòng "nói dối" về Voldemort. Một cây bút ma thuật khắc những dòng chữ vào tay anh khi anh viết. Ron và Hermione rất tức giận, nhưng Harry từ chối nói với cụ Dumbledore, người đã xa lánh Harry. Khi Umbridge giành quyền kiểm soát trường học nhiều hơn, Ron và Hermione giúp Harry thành lập "Đội quân của cụ Dumbledore", một nhóm bí mật dạy học sinh các phép thuật phòng thủ. Umbridge tuyển dụng các Học sinh Nhà Slytherin cho một Biệt đội Điều tra để theo dõi các học sinh khác. Trong khi đó, Harry và Cho Chang nảy sinh tình cảm với nhau.

Một đêm, Harry hình dung Arthur Weasley bị tấn công tại Bộ, nhìn nó từ góc độ của kẻ tấn công. Lo ngại rằng Voldemort sẽ khai thác mối liên hệ này với Harry, cụ Dumbledore đã yêu cầu Severus Snape dạy Harry Bí thuật bảo vệ tâm trí khỏi ảnh hưởng của Voldemort. Trong một buổi học, Harry nhìn thấy ký ức của Snape về việc cha anh, James, đã bắt nạt và hành hạ Snape ở trường như thế nào. Mối liên hệ giữa Harry và Voldemort càng khiến Harry bị cô lập khỏi những người bạn của mình. Trong khi đó, Bellatrix Lestrange, Tử thần Thực tử loạn trí và em họ của Sirius, trốn thoát khỏi nhà tù Azkaban cùng với chín Tử thần Thực tử khác. Tại Hogwarts, Umbridge và Biệt đội Điều tra của mụ vạch mặt Đội quân của Dumbledore. Dumbledore, bị cáo buộc sai đã tạo ra nó, trốn thoát khi Fudge ra lệnh bắt giữ. Harry tin rằng Cho đã phản bội Đội quân của Dumbledore để đến với Umbridge, kết thúc mối quan hệ chớm nở của họ. Umbridge trở thành Hiệu trưởng mới.

Harry trải qua một viễn cảnh rằng Voldemort đang tra tấn Sirius. Harry, Ron và Hermione vội vã đến văn phòng của Umbridge để báo cho họ qua Mạng Floo. Umbridge bắt được họ và, khi cô ấy sắp trừng phạt Harry, Hermione tuyên bố cụ Dumbledore đã giấu một "vũ khí bí mật" trong Rừng Cấm. Mụ và Harry dẫn Umbridge đến nơi Grawp, người em cùng cha khác mẹ khổng lồ của Hagrid, bị giam giữ. Các nhân mã đối đầu với họ và bắt cóc Umbridge sau khi mụ lăng mạ và tấn công họ. Harry, Hermione, Ron, Luna, Neville và Ginny bay đến Bộ Pháp thuật trên lưng nững con Vong Mã để cứu Sirius.

Nhóm sáu học sinh bước vào Sở Bí ẩn và thu hồi vật thể mà Voldemort đang theo đuổi, một lời tiên tri đóng chai mang tên Harry. Những Tử thần Thực tử, bao gồm Lucius Malfoy và Bellatrix Lestrange, phục kích chúng. Lucius tiết lộ rằng việc Harry nhìn thấy Sirius bị tra tấn là một mưu mẹo để thu hút anh ta đến đó. Harry từ chối đưa ra lời tiên tri cho Lucius, và một cuộc chiến giữa Quân đội của Dumbledore và các Tử thần Thực tử xảy ra. Các Tử thần Thực tử chế ngự các học sinh và buộc Harry phải đầu hàng lời tiên tri. Khi Harry đưa nó cho Lucius, Sirius và Remus Lupin đến cùng với các thành viên của Hội là Nymphadora Tonks, Kingsley Shacklebolt và Moody Mắt Điên. Khi họ tấn công các Tử thần Thực tử, Lucius đã đánh rơi lời tiên tri, phá hủy nó. Cũng như Sirius áp đảo Lucius, Bellatrix giết Sirius.

Voldemort xuất hiện, nhưng ngay trước khi hắn có thể giết Harry, cụ Dumbledore đến. Một trận đấu bạo lực nổ ra, phá hủy phần lớn Atrium, trong khi Bellatrix trốn thoát. Hai pháp sư ngang tài ngang sức nên Voldemort chiếm hữu cơ thể của Harry, muốn cụ Dumbledore hy sinh cậu. Tình yêu mà Harry dành cho bạn bè và gia đình của mình nhanh chóng đánh bật Voldemort. Các quan chức của Bộ đến trước khi Voldemort biến mất; Fudge thừa nhận rằng Voldemort đã trở lại và từ chức trong sự ô nhục. Umbridge bị sa thải và cụ Dumbledore trở lại làm hiệu trưởng trường Hogwarts. Dumbledore giải thích rằng ông đã tách mình ra khỏi Harry để ngăn Voldemort khai thác mối liên hệ của họ. Ông cũng tiết lộ lời tiên tri. Khi đau buồn về cái chết của Sirius, Harry cố gắng chấp nhận lời tiên tri: "Không ai có thể sống sót trong khi người kia còn tồn tại."